2003
Нео остаточно усвідомив свою «обраність» і готовий йти своїм шляхом, але не знає, які конкретно кроки йому потрібно зробити. Адже просто знищити всіх агентів чи витягнути кожного з матриці неможливо. Потрібно зруйнувати саму систему. Але як це здійснити, якщо машини контролюють всю планету і зовсім не є беззахисними? Відповіді на ці питання може надати Піфія... Щоб людство знову здобуло свободу, потрібно вдарити в саме серце, де зосереджені нервові закінчення матриці, осередок цього віртуального концтабору. Для цього Нео має зрозуміти внутрішню суть світу, який став в'язницею для всього людства. Тим часом машини вже усвідомили загрозу, яку представляє Нео, і не планують просто чекати свого кінця. Але це лише початок нових проблем: у цю гру вступає новий учасник, що переслідує власні цілі. Це новий, але водночас і старий ворог...
