У всесвіті Marvel мутанти — люди з генетично наділеними здібностями — піддаються переслідуванню з боку ненависних їм людей. Одним з місць, де вони можуть знайти притулок, є Академія для обдарованих дітей професора Ксав'єра. Проте школа виконує і секретну функцію: вона є тренувальним центром для розвитку навичок контролю над своїми здібностями, щоб у майбутньому мутанти могли інтегруватися в звичайне суспільство. Крім того, це таємна бази для команди супергероїв «Люди Ікс», створеної як позитивний приклад для мутантів, а також для протистояння тим, хто прагне підкорити світ. Цей мультсеріал розповідає про їхні пригоди в боротьбі за визнання та протистоянні таким лиходіям, як Магнето, Апокаліпсис та машини-руйнівники, відомі як Вартові.
