2004
Кіборг Бато працює слідчим в антитерористичному центрі поліції. На перший погляд, він звичайна людина з усіма необхідними частинами тіла та розумом, але тільки штучним. Єдине, що залишилося в ньому від колишнього живого чоловіка, - це туманна пам'ять про кохану дівчину на ім'я Мотоко Кусанагі. Разом з іншими співробітниками підрозділу по боротьбі з тероризмом Бато розпочинає розслідування зростання випадків вбивств, які вчиняють кіборги-слуги своїх власників. Під час розслідування виявляється дивна закономірність - усі вбивства були скоєні експериментальними роботами, виготовленими компанією locus solus.
1995
Майбутнє. У світі та Всесвіті немає кордонів. Люди зникли. Замість них існують кіборги з розумом і свідомістю, подібними до людських. Вони усвідомлюють етичні принципи, здатні на співпереживання та мислення, але все ж не є людьми. Мотоко Кусанагі, головна героїня аніме «Привид в обладунках», є успішним кіборгом. Вона - майор, що служить у Дев'ятому відділі, який відповідає за громадську безпеку. Її нове завдання полягає в розслідуванні хакера на ім'я «Лялькар», який навчився маніпулювати людьми майбутнього через Мережу. Ситуація виглядає безнадійно, і держава докладає всіх зусиль, щоб його зловити. Але виявляється, що Лялькар не є людиною. Допитлива Мотоко дізнається, що цей надзвичайно розумний хакер - всього лише вірус, створений її ж колегами з Шостого відділу, які працюють на благо держави. Отже, Лялькар - це свідомий і цілеспрямований державний проект, що свідчить про те, що влада не так вже й дбайливо ставиться до своїх кіборг-громадян. Аморальний проект, який позбавляє «не людей» волі, - це лише початок експериментів тих, хто хоче змінити або знищити світ...
