1992
Людство стоїть на порозі нової ери. Наукові досягнення дозволяють створити абсолютно новий, унікальний тип людей, яких у майбутньому назвуть дітьми Атома. Завдяки змінам у людському геномі, світ побачить нових людей з надздібностями. Проте, навіть володіючи великою силою, вони залишаються людьми, які прагнуть влади і бажають підкорити слабших. Саме такими слабкими вони вважають мутантів, звичайних людей. Вони прагнуть завоювання, поневолення та безроздільної влади над ними. Однак частина мутантів не залишається осторонь – деякі з них стають на захист людства. Люди Ікс вирішують боротися за свободу первісної людини.
Звір та Фордж планують укласти малоймовірний союз із Магнето та Містером Сіністером, щоб зупинити вторгнення Фаланги на Землю. Омега Ред буде розморожений для порятунку токсичного атомного підводного човна, але має власні наміри щодо боєголовок. Грейдон Крід-молодший і Друзі людства повернуться, аби возз’єднати Найткролера з його справжньою матір’ю. Шторм прагне врятувати чужу планету та заручитися з їхнім правителем, щоб дізнатися, ким насправді є ця людина. Фабіан Кортес намагатиметься воскресити жахливого Апокаліпсиса. Росомаха згадує час, коли він і Капітан Америка боролися проти Червоного Черепа. Походження містера Сіністера буде розкрите.
У всесвіті Marvel мутанти — люди з генетично наділеними здібностями — піддаються переслідуванню з боку ненависних їм людей. Одним з місць, де вони можуть знайти притулок, є Академія для обдарованих дітей професора Ксав'єра. Проте школа виконує і секретну функцію: вона є тренувальним центром для розвитку навичок контролю над своїми здібностями, щоб у майбутньому мутанти могли інтегруватися в звичайне суспільство. Крім того, це таємна бази для команди супергероїв «Люди Ікс», створеної як позитивний приклад для мутантів, а також для протистояння тим, хто прагне підкорити світ. Цей мультсеріал розповідає про їхні пригоди в боротьбі за визнання та протистоянні таким лиходіям, як Магнето, Апокаліпсис та машини-руйнівники, відомі як Вартові.
Попереду людство чекають суттєві зміни. Саме в цей час з'являться люди, генетичний код яких частково змінений. Вони – Діти Атома, наділені особливими рисами, які можуть здатися незвичними. Частина з них прагне зайняти домінуючу позицію в світі, що призводить до конфлікту з людьми. Інші ж намагаються захистити людство. Їх називатимуть Людьми Ікс. Вони стануть командою супергероїв, які під керівництвом Чарльза Ксав'єра рятуватимуть світ від численних загроз.
Нарешті настануть певні зміни. Саме з цього моменту розпочнеться стрімкий розвиток людства. У цей час з'являться Діти Атома та люди з особливими здібностями. Це зумовлено тим, що в їхньому генетичному коді були внесені певні корективи. Деякі з цих дітей вважають, що повинні стати лідерами у новому світі. Це призводить до конфлікту серед людей. Лише деякі з мутантів намагаються захистити людство. Саме їх називають Люди Ікс. Вони боротимуться зі злом заради миру для всього людства.