2001
Події фільму розгортаються у 2071 році. Напередодні Хеллоуїна, коли люди на Землі прикрашають свої домівки гарбузами та одягаються в костюми, на Марсі стається жахлива трагедія. Невідомі терористи використали біохімічну зброю масового знищення, внаслідок чого загинуло чимало колоністів. На їх затримання було оголошено значну грошову винагороду, адже злочинці повинні понести заслужене покарання. Багато мисливців за головами вирушили на їх пошуки, серед яких опинилися й відомі у всій Сонячній системі шукачі пригод Спайк Спігель та Джет Блек.
1998
2071 рік. Людство колонізувало всю Сонячну систему, заснувавши колонії від Венери до Юпітера. Проте багато років тому техногенна катастрофа знищила Місяць. Наслідки були жахливими: безперервні метеоритні дощі зробили життя на поверхні Землі неможливим, а в перші тижні загинуло 4,7 мільярдів людей. Більшість уцілілих переїхали в колонії на інших планетах. З часом у Сонячній системі посилилися злочинні синдикати, і уряд відновив стародавню практику полювання за головами. Тепер мисливці за головами мандрують по всій системі в пошуках цілей. Спайк Шпігель і Джет Блек – мисливці, які, з волі долі, опинилися на космічному кораблі "Bebop 268710". Подорожуючи разом, вони зустрічають Фей Валентайн — привабливу жінку з величезним боргом, Радикала Едварда — комп'ютерного генія, а також генетично модифіковану собаку на ім'я Ейн.